Pérez Díaz desapareció de Santander el 5 de marzo de 1991, cinco días después de que la dirección territorial del banco para Asturias y Cantabria le comunicara que se iba a inspeccionar su oficina, porque se habían descubierto anomalías en su operativa.
La Audiencia de Cantabria juzgó los hechos en su ausencia en 2004 y consideró probado “fuera de toda duda” que Pérez Díaz montó en su sucursal “un banco paralelo” entre 1986 y 1991 a través del cual conseguía depósitos millonarios de numerosos clientes.
Pérez Díaz ofrecía a esos clientes depósitos a un interés superior al que manejaba la entidad bancaria y concedía préstamos encubiertos a otras personas, todo ello en operaciones que generalmente se cerraban en su despacho, pero que no quedaban recogidas en la contabilidad oficial del Banco Popular.
Pepe anotaba los depósitos en cartillas sin mecanizar, en las que, en ocasiones, al cliente sólo se le identificaba con iniciales.
Su talento para captar depósitos fue tal, que convirtió su oficina en la más importante del banco en Cantabria, con renombrados clientes particulares e institucionales en su cartera.
En su ausencia, fueron juzgados por estos hechos seis personas como posibles cómplices de sus manejos.